En el sitio que ocupó Tayasal se construyó la cabecera departamental de El Petén, la Ciudad de Flores. Escasos vestigios arqueológicos se encuentran en la isla y en los alrededores del lago. Los Itzaes, al ser expulsados de Yucatán en el siglo XIII, llegaron a El Petén organizándose en ciudades como Tayasal, que fue su capital, edificada en la Isla de Flores a orillas del lago Petén Itzá, lugar por el cual pasó Hernán Cortés cuando se dirigía a Honduras. Lo intrincado de la selva explica el que los hispanos solo pudieron doblegar a los itzaes hasta 1697.

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